果树烂根的主要原因是施肥不当、高温、冻害、水涝和害虫咬伤、病害侵染所致。
1、施肥不当
施用未腐熟的基肥，会造成杂菌污染根系，其携带的大量病菌、害虫、盐分等，都会对根系造成严重损伤。
追肥时因施肥过于集中，把大量的化肥施在树根附近，或施用高浓度液体肥料，或施肥后不及时浇水，常造成树根及枝干受害。
连年在地表使用基肥，沟越开越浅，或者直接撒施，会导致根系上浮，使根系受损。
2、环境因素
夏季因烈日暴晒表土温度高，易靠近地表的根部，而冬季低温又可使浅根受冻。
在多雨年份和排水不良的果园，因长时间积水发生水涝窒息烂根。
3、病虫侵害
地下害虫较多，咬伤根部，造成伤口，土壤中的腐生性病原菌侵染内部组织，引起果树烂根。
果树根部病害主要有白纹羽病、紫纹羽病、根朽病、根结线虫、根癌病、根腐病、白绢病等。
4、粗放管理
果园长期不中耕，春、夏灭草全部依靠灭草剂，只灭了杂草，而不能疏通土壤的通气性。致使活土层长期处于严重板结状态，而且把果树的根系引向地表层，既不抗旱，又不耐涝。雨后造成土壤通气不良，根系窒息而大量落叶。同时除草剂的残留还会造成隐形药害，伤害根系，衰弱树势。
不注重保持树体营养，夏季不追肥，秋季不施基肥。根系的营养不是靠施肥就能解决，根系吸收的矿质元素传输到叶片，经过光合作用后产生有机产物才是根系营养物质的来源，所以对于叶片的护养对于根系的健康生长也是十分重要的。