复合微生物肥料是指具有特定功能的微生物与氮磷钾、有机质等营养物质复合而成，能提供、保持或改善植物营养，提高农产品产量或改善农产品品质的活体微生物制品。
优点：
1、 活化土壤，解磷解钾
复合微生物肥料含有大量功能性微生物，能分解有机残体，形成土壤腐殖质，改善土壤结构和理化性状，可将植物不能吸收的物质转化为有效养分，供植物吸收利用。肥料进入土壤后，微生物在有机质、无机营养元素、水分、温度的协助下大量繁殖，减少了有害微生物群体的生存空间，从而增加了土壤有益微生物菌的数量，微生物菌产生大量的有机酸可以把多年沉积在土壤中的磷钾元素部分溶解释放出来供作物再次吸收利用，长期使用后土壤将会变得越来越疏松和肥沃。
2、 抑制病害，增强抗逆性
复合微生物肥料施入土壤后，功能性微生物能释放类物质，有利于消灭病原微生物。功能性微生物在植物根系周围形成优势菌群，使病原微生物难以繁殖。复合生物菌可诱导植物的过氧化物酶、多酚氧化酶、葡聚糖酶等参与植物对有害微生物的防御反应。施用复合微生物肥料，作物生长健壮，增强作物的抗病能力。
3、促进生长，增产增收
复合微生物肥料施入土壤后，功能性微生物在土壤中迅速繁殖，会产生多种对作物有益的代谢产物。这些代谢产物可刺激或调控作物生长，使作物健壮，达到增产目的。不仅给作物生长提供所需的NPK和中微量元素外，还能为作物提供有机质和有益微生物活性菌。 除此之外，微生物肥料中的一些菌种还可以分泌一些刺激素维生素等以刺激作物生长，使作物健壮，营养状况得到改善。
4、养分充足，配方施肥
养分含量较高，能均衡的供应植物生长所需要的氮、磷、钾及多种微量元素，养分比例可根据要求对配方进行调整。
5、 提高品质，改善口感
复合微生物肥料改善作物的营养供应，特别是增加了有机质、腐殖酸、氨基酸等有机营养，有利于作物糖分和蛋白的积累，解决了偏施化肥所造成的“菜不香、果不甜”的难题。施用复合微生物肥料可降低农产品中的硝酸盐含量，增加还原糖和维生素C的含量。
6、节约能源，降低污染
大量施用化肥、农药，使土壤受到不同程度的污染，产生一定的毒性。生长在受污染土壤的作物，除了造成生长障碍外，其产品还会对人类带来危害。消除土壤污染是环境治理的重要内容。复合微生物肥料的肥效持续时间长，可以减少化肥的施用量，并且它本身。复合微生物肥料具有降解和转化土壤中有毒物质的能力。这种生物修复是土壤修复的各种措施中***经济有效的措施。